本書主要分為五個部分來展開論述。（1）明代心學的本體內涵。在懸置西方哲學“ontology”的前提下，按中國哲學的內在義理探討本體的含義，是第一章“本體諸義”所要解決的問題。（2）本體之呈現(xiàn)，即本體何在、如何在的問題，是本書第二章 “本體無體，以用為體” 所要解決的問題。（3）本體的呈現(xiàn)就是本體的發(fā)用化和實體的流行化，體用是“共時性”的存在。因本體的發(fā)用流行化所帶來的體用關系是什么，是本書第三章“即體即用和不離不混的體用觀”所要解決的問題。（4）本體的呈現(xiàn)包含“有無之間”的幾和“不分有無”的獨兩種思路。如何理解本體呈現(xiàn)的狀態(tài)，這是本書第四章“生幾論”和第五章“獨體論”所要解決的問題。（5）儒家心性哲學中的本體和本原具有一致性，“本體論”既包含探討作為“存在之依據(jù)”的“本體”，又包含此“本體”生發(fā)演化的宇宙論。如何理解心學中“本體論”和“宇宙論”相結合的方式，是本書第六章“本體宇宙論”所要解決的問題。