第一部分以特別法人制度的構建為基礎，對集體經濟組織改革的目標、相關的制度供給和制度需求進行研究，在分析集體經濟組織與農民集體、集體經濟組織與集體成員等關系的基礎上，分析集體經濟組織改革的特殊性。以此為全文的研究提供基礎，并分析集體產權制度改革對集體經濟組織改革的影響。
第二部分從集體經濟組織的設立、組織形式、存在基礎和職能等方面，研究集體經濟組織主體地位的特別性。集體經濟組織的設立是自上而下的改革要求和自下而上的改革壓力互動的結果，從設立時起，既不同于其他市場主體的產生，也承擔不同于其他市場主體的職能。而集體經濟組織與集體所有權的關系，對集體經濟組織改革有決定性影響。
如果說第一部分和第二部分的研究具有宏觀性的特點，而第三部分則開始進入集體經濟組織的內部，從主體的角度研究集體經濟組織成員與集體經濟組織股東之間的關系。從主體的范圍來說，集體經濟組織成員與集體經濟組織股東之間并不具有對應的關系，集體經濟組織成員可能不是集體經濟組織股東，集體股東也可能不是集體經濟組織成員；從權利的內容來說，集體經濟組織成員權的內容與集體經濟組織股權具有不一致性，相對來說，集體經濟組織股權的范圍較窄。在集體經濟組織改革過程中，集體成員權、集體經濟組織成員權與集體經濟組織股權交織在一起。
第四部分對集體經濟組織改革中的股權戶進行專門研究，在界定戶家戶和農戶三個概念的基礎上，對集體經濟組織改革中的確權到人和確權到戶進行分析，在此基礎上構建股權戶的法律地位，并試圖對戶的內部法律關系進行分析。
第五部分涉及集體經濟組織財產與集體經濟組織股權，集體經濟組織財產與集體財產、集體經濟組織股權與集體財產之間的關系在理論上多有爭議，此類爭論直接涉及到集體經濟組織的主體地位問題，特別是集體經濟組織與農民集體的關系。而集體資產的折股量化以及股權配置和管理，特別是集體經濟組織股權的內容，則是集體經濟組織改革的關鍵。
第六部分以集體經濟組織章程為基礎，研究集體經濟組織經營管理的特殊性。集體經濟組織章程具有自治性和強制性的特點，而功能主義立法也對集體經濟組織的機構設置產生影響。但是集體經濟組織既不同于公司法人以資本為基礎，也不同于農業(yè)生產合作社法人以勞動為基礎，再加上在設立的過程中并不是完全以意思自治為基礎，從而使集體經濟組織治理機構的設置具有復雜性，治理主體具有多元性的特點。
最后一部分是選取調研過程中發(fā)現的一些典型做法進行總結。這些看起來具有個別性的經驗既是對現有集體經濟組織改革相關的規(guī)范性文件的反應，也對集體經濟組織立法提出了相應的要求。而在集體經濟組織改革過程中，各地的實踐做法則直接推動并影響集體經濟組織改革在全國范圍內的推行。