第1章基因組學1
1.1基因組學的研究技術(shù)1
1.1.1第一代測序技術(shù)2
1.1.2第二代測序技術(shù)3
1.1.3第三代測序技術(shù)7
1.2基因組組裝策略11
1.3基因組測序技術(shù)的應(yīng)用12
1.3.1全基因組測序12
1.3.2比較基因組學13
1.3.3進化生物學13
1.3.4水產(chǎn)生物遺傳育種14

第2章轉(zhuǎn)錄組學16
2.1轉(zhuǎn)錄組學基礎(chǔ)16
2.1.1轉(zhuǎn)錄組和轉(zhuǎn)錄組學16
2.1.2轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展史17
2.2轉(zhuǎn)錄組學的研究技術(shù)19
2.2.1DNA微陣列技術(shù)19
2.2.2表達序列標簽技術(shù)21
2.2.3基因表達系列分析技術(shù)21
2.2.4大規(guī)模平行測序技術(shù)22
2.2.5RNA測序技術(shù)23
2.3轉(zhuǎn)錄組測序后續(xù)數(shù)據(jù)分析26
2.3.1轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)量控制26
2.3.2測序讀長序列（reads）比對分析27
2.3.3轉(zhuǎn)錄本表達定量分析29
2.3.4差異表達分析29
2.3.5結(jié)構(gòu)變異分析31

第3章蛋白質(zhì)組學34
3.1蛋白質(zhì)組學基礎(chǔ)34
3.2蛋白質(zhì)組學基本技術(shù)37
3.2.1雙向凝膠電泳技術(shù)38
3.2.2質(zhì)譜技術(shù)40
3.2.3蛋白質(zhì)芯片技術(shù)47
3.2.4生物信息學技術(shù)49
3.3蛋白質(zhì)組學在生命科學研究中的應(yīng)用50
3.3.1蛋白質(zhì)性質(zhì)分析50
3.3.2組學分析56

第4章代謝組學60
4.1代謝組學概述60
4.1.1代謝組學發(fā)展的歷史背景60
4.1.2代謝組學的研究對象及研究方法61
4.1.3非靶向代謝組學和靶向代謝組學62
4.2代謝組學樣品制備63
4.2.1樣品前處理技術(shù)63
4.2.2代謝物的萃取技術(shù)65
4.2.3代謝組學樣品前處理的發(fā)展趨勢66
4.3氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)在代謝組學中的應(yīng)用67
4.3.1氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)特點67
4.3.2氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用系統(tǒng)組成68
4.3.3代謝組學中常用氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀器介紹69
4.3.4樣品的采集與制備70
4.3.5數(shù)據(jù)分析71
4.4液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)在代謝組學中的應(yīng)用72
4.4.1液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)特點72
4.4.2LC-MS接口72
4.4.3液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)在代謝組學中的優(yōu)勢及發(fā)展趨勢73
4.5空間代謝組學74
4.5.1空間代謝組學的研究方法和技術(shù)74
4.5.2空間代謝組學的研究內(nèi)容和應(yīng)用75
4.5.3空間代謝組學的發(fā)展趨勢75

第5章多組學技術(shù)在魚類研究中的應(yīng)用77
5.1魚類基因組學研究77
5.1.1魚類基因組學研究概述77
5.1.2基因組技術(shù)在魚類系統(tǒng)發(fā)育和親緣關(guān)系研究領(lǐng)域的應(yīng)用78
5.1.3基因組技術(shù)在魚類群體遺傳學研究領(lǐng)域的應(yīng)用81
5.1.4基因組技術(shù)在高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建與QTL定位中的應(yīng)用85
5.1.5基因組技術(shù)在魚類基因組編輯研究領(lǐng)域的應(yīng)用87
5.2魚類轉(zhuǎn)錄組學研究89
5.2.1魚類轉(zhuǎn)錄組學研究概述89
5.2.2轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在魚類系統(tǒng)發(fā)育和適應(yīng)性進化研究領(lǐng)域的應(yīng)用89
5.2.3轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在環(huán)境脅迫研究領(lǐng)域的應(yīng)用91
5.2.4轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在分子標記開發(fā)領(lǐng)域的應(yīng)用94
5.2.5轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在魚類免疫研究領(lǐng)域的應(yīng)用96
5.2.6轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在魚類發(fā)育生物學研究領(lǐng)域的應(yīng)用98
5.3魚類蛋白質(zhì)組學研究99
5.3.1魚類蛋白質(zhì)組學研究概述99
5.3.2蛋白質(zhì)組技術(shù)在魚類鑒定和質(zhì)量安全方面的應(yīng)用100
5.3.3蛋白質(zhì)組技術(shù)在魚肉品質(zhì)研究方面的應(yīng)用101
5.3.4蛋白質(zhì)組技術(shù)在魚類生物活性評價方面的應(yīng)用102
5.3.5蛋白質(zhì)組技術(shù)在魚類應(yīng)答環(huán)境脅迫研究領(lǐng)域的應(yīng)用104
5.3.6蛋白質(zhì)組技術(shù)在免疫研究領(lǐng)域的應(yīng)用106
5.4魚類代謝組學研究107
5.4.1魚類代謝組學研究概述107
5.4.2代謝組學技術(shù)在魚類疾病方面的應(yīng)用107
5.4.3代謝組學技術(shù)在魚類毒理方面的應(yīng)用109
5.4.4代謝組學技術(shù)在魚類營養(yǎng)和飼料方面的應(yīng)用111
5.4.5代謝組學技術(shù)在魚類響應(yīng)環(huán)境脅迫方面的應(yīng)用112

第6章多組學技術(shù)在蝦類研究中的應(yīng)用114
6.1蝦類基因組學研究115
6.1.1蝦類基因組學研究概述115
6.1.2蝦類動物基因組測序歷史116
6.1.3多種蝦類的基因組研究116
6.1.4基因組學研究在蝦類養(yǎng)殖中的應(yīng)用126
6.1.5多種新的基因組學方法在蝦類研究中的應(yīng)用127
6.2蝦類轉(zhuǎn)錄組學研究127
6.2.1蝦類轉(zhuǎn)錄組學研究概述127
6.2.2轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在蝦類生長發(fā)育研究中的應(yīng)用129
6.2.3轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在蝦類免疫應(yīng)答研究中的應(yīng)用130
6.2.4轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在蝦類環(huán)境脅迫研究中的應(yīng)用132
6.2.5轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在蝦類營養(yǎng)代謝研究中的應(yīng)用133
6.3蝦類蛋白質(zhì)組學研究134
6.3.1蝦類蛋白質(zhì)組學研究概述134
6.3.2蛋白質(zhì)組技術(shù)在蝦類生殖發(fā)育和育種研究中的應(yīng)用135
6.3.3蛋白質(zhì)組技術(shù)在蝦類生長和營養(yǎng)研究中的應(yīng)用136
6.3.4蛋白質(zhì)組技術(shù)在蝦類養(yǎng)殖和產(chǎn)品質(zhì)量安全研究中的應(yīng)用137
6.3.5蛋白質(zhì)組技術(shù)在蝦類應(yīng)答環(huán)境脅迫研究中的應(yīng)用139
6.3.6蛋白質(zhì)組技術(shù)在蝦類免疫研究中的應(yīng)用140
6.4蝦類代謝組學研究142
6.4.1蝦類代謝組學研究概述142
6.4.2代謝組學技術(shù)在蝦類生理狀態(tài)評估中的應(yīng)用142
6.4.3代謝組學技術(shù)在蝦類疾病監(jiān)測與預防中的應(yīng)用143
6.4.4代謝組學技術(shù)在蝦類飼料評估與優(yōu)化中的應(yīng)用144
6.4.5代謝組學技術(shù)在蝦類環(huán)境適應(yīng)與逆境應(yīng)對研究中的應(yīng)用145
6.5蝦類微生物組學研究146
6.5.1蝦類微生物組學研究概述146
6.5.2蝦類腸道微生物組學分析147
6.5.3微生物組學技術(shù)在蝦類疾病診斷與監(jiān)測中的應(yīng)用149
6.5.4微生物組學技術(shù)在蝦類益生菌篩選中的應(yīng)用151
6.5.5微生物組學技術(shù)在蝦類飼料評估與優(yōu)化中的應(yīng)用152
6.5.6微生物組學技術(shù)在蝦類水體環(huán)境監(jiān)測與生態(tài)修復中的應(yīng)用152

第7章多組學技術(shù)在貝類研究中的應(yīng)用154
7.1貝類基因組學研究154
7.1.1貝類基因組學研究概述154
7.1.2基因組學技術(shù)在貝類研究中的應(yīng)用154
7.1.3基因組學技術(shù)在貝類研究應(yīng)用中存在的問題與展望156
7.2貝類轉(zhuǎn)錄組學研究157
7.2.1貝類轉(zhuǎn)錄組學研究概述157
7.2.2轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)在貝類研究中的應(yīng)用157
7.2.3轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)在貝類研究應(yīng)用中存在的問題與展望160
7.3貝類蛋白質(zhì)組學研究161
7.3.1貝類蛋白質(zhì)組學概述161
7.3.2蛋白質(zhì)組學技術(shù)在貝類研究中的應(yīng)用161
7.3.3蛋白質(zhì)組學技術(shù)在貝類研究應(yīng)用中存在的問題與展望163
7.4貝類代謝組學研究164
7.4.1貝類代謝組學概述164
7.4.2代謝組學技術(shù)在貝類研究中的應(yīng)用164
7.4.3代謝組學技術(shù)在貝類研究應(yīng)用中存在的問題與展望165

第8章多組學技術(shù)在藻類研究中的應(yīng)用166
8.1藻類組學研究概況168
8.2藻類基因組學研究174
8.2.1藻類核基因組研究174
8.2.2藻類細胞器基因組研究181
8.3藻類轉(zhuǎn)錄組學研究185
8.3.1基于轉(zhuǎn)錄組測序的綠藻起源與演化歷史重建185
8.3.2基于轉(zhuǎn)錄組測序的海藻生物入侵分子機制研究187
8.4藻類代謝組學研究188

第9章多組學技術(shù)在蟹類研究中的應(yīng)用191
9.1蟹類基因組學研究191
9.1.1梭子蟹科蟹類基因組研究191
9.1.2弓蟹科蟹類基因組研究193
9.1.3歪尾下目蟹類基因組研究194
9.2蟹類轉(zhuǎn)錄組學研究195
9.2.1青蟹轉(zhuǎn)錄組學研究195
9.2.2中華絨螯蟹轉(zhuǎn)錄組學研究201
9.2.3三疣梭子蟹轉(zhuǎn)錄組學研究210
9.2.4其他蟹類轉(zhuǎn)錄組學研究212
9.3蟹類蛋白質(zhì)組學研究213
9.3.1蛋白質(zhì)組學技術(shù)在蟹類性別研究方面的應(yīng)用213
9.3.2蛋白質(zhì)組學技術(shù)在蟹類生長發(fā)育研究方面的應(yīng)用214
9.3.3蛋白質(zhì)組學技術(shù)在蟹類環(huán)境應(yīng)激研究方面的應(yīng)用215
9.3.4蛋白質(zhì)組學技術(shù)在蟹類免疫學研究方面的應(yīng)用216
9.4蟹類代謝組學研究217
9.4.1代謝組學技術(shù)在蟹類神經(jīng)內(nèi)分泌研究方面的應(yīng)用217
9.4.2代謝組學技術(shù)在蟹類環(huán)境應(yīng)激研究方面的應(yīng)用217
9.4.3代謝組學技術(shù)在蟹類免疫抗病研究方面的應(yīng)用218
9.4.4代謝組學技術(shù)在蟹類營養(yǎng)需求研究方面的應(yīng)用219
9.5蟹類多組學聯(lián)合研究220
9.5.1多組學聯(lián)合分析技術(shù)在蟹類神經(jīng)內(nèi)分泌研究方面的應(yīng)用220
9.5.2多組學聯(lián)合分析技術(shù)在蟹類免疫應(yīng)激研究方面的應(yīng)用221

參考文獻223