本書較為系統(tǒng)地闡述了生物多樣性的形成與維持機制，尤其是較為系統(tǒng)地總結了北京師范大學地表過程與資源生態(tài)國家重點實驗室生物多樣性研究團隊在該領域所取得的一些成果，分析了當前生物多樣性領域的前沿熱點，并展望未來的發(fā)展方向。全書分3篇共12章，對生物多樣性領域內一些重要新理論（如區(qū)域群落理論）、新概念（如全共生體）、新技術（如環(huán)境DNA、生物多樣性基因組學）進行了較為系統(tǒng)的介紹，特別注重生態(tài)與進化的整合與交叉。

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目錄
理論篇
第1章 全功能體：解析生物多樣性的形成和維持的一個新視角 3
1.1 全功能體和全基因組概念 3
1.2 共生微生物群落影響全功能體的適合度 5
1.3 全功能體的遺傳變異與進化 5
1.4 小結 7
第2章 譜系（親緣）地理學 9
2.1 譜系（親緣）地理學研究中常用的分子標記 10
2.2 譜系（親緣）地理學的概念模型 10
2.3 譜系（親緣）地理學的分析方法 12
2.4 譜系地理式樣 14
2.5 小結 15
第3章 物種形成機制與協(xié)同進化 17
3.1 物種的概念 17
3.2 物種形成的理論模型 21
3.3 生殖隔離機制與物種形成 23
3.4 種間關系與協(xié)同進化 29
第4章 區(qū)域群落生態(tài)學理論 32
4.1 群落生態(tài)學發(fā)展簡史 32
4.2 生態(tài)位理論和中性理論 34
4.3 區(qū)域群落生態(tài)學 36
4.4 小結 41
技術與方法篇
第5章 系統(tǒng)發(fā)育基因組學 45
5.1 預測直系同源基因 45
5.2 多序列比對 49
5.3 基因樹 52
5.4 物種系統(tǒng)發(fā)育關系推導 53
5.5 系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡推斷 60
5.6 建樹誤差來源 68
第6章 種群歷史動態(tài)推斷 71
6.1 種群歷史動態(tài)推斷的簡要發(fā)展歷史 71
6.2 種群歷史動態(tài)推斷方法的主要類別 72
6.3 應用 81
第7章 實驗進化方法 85
7.1 實驗進化的研究對象 86
7.2 微生物實驗進化 88
7.3 實驗進化的局限性及其新發(fā)展 97
第8章 環(huán)境DNA在生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能監(jiān)測研究中的應用 99
8.1 環(huán)境DNA分析技術流程 101
8.2 環(huán)境DNA分析技術在生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能研究方面的應用 106
8.3 小結 112
應用與成果篇
第9章 東北虎豹長期定位監(jiān)測及競爭與共存機制研究 115
9.1 前言 115
9.2 東北虎豹生物多樣性長期定位監(jiān)測體系 117
9.3 鳥獸物種多樣性監(jiān)測結果 120
9.4 東北虎豹共存與瀕危機制研究 124
9.5 小結 126
第10章 土壤細菌群落的組裝 128
10.1 關于微生物群落組裝的一般性認知 128
10.2 觀察微生物多樣性模式 130
10.3 實驗檢驗擴散限制的重要性 130
10.4 實驗推測漂變和選擇的重要性 134
10.5 小結 137
第11章 進化速率假說的實驗驗證 138
11.1 溫度影響進化速率的生理學和生態(tài)學機制 138
11.2 溫度對突變速率的影響 141
11.3 溫度對選擇作用的影響 142
11.4 溫度對適應分化的影響 146
11.5 小結 148
第12章 中國北方森林中部分闊葉樹種的歷史生物地理學和雜交進化歷史 149
12.1 核桃屬物種的歷史生物地理學研究 149
12.2 核桃屬物種的雜交進化歷史 152
12.3 基因流對核桃屬和櫟屬物種的進化歷史的影響 155
參考文獻 158