《大菩薩嶺2》講述的是時武士機龍之助眼盲之后的故事。賣唱女阿玉(后改名阿君)出于好心，接受了淪為妓女的阿豐的委托，替她帶信，卻被卷入到一樁殺人事件中。為了避免無辜被抓，阿玉不得不和好友米友一起開始了逃亡之旅。為了完成阿豐的委托，阿玉在官府的追捕中依舊前往送信地點給機龍之助送信。在機龍之助及其幫手的幫助下，阿玉逃脫了追捕，前往江戶。機龍之助得到醫(yī)生道庵的幫助，暫時恢復了視力，從藏身地點出發(fā)，也動身前往江戶。他在途中遇到了阿絹、盜賊愿力等各色人物，并再次失明。失明后的機龍之助在砍傷愿力之后陷入了昏迷，被山里姑娘阿德所救。在與阿德前往溫泉療養(yǎng)時，他遇到了假扮幕府武士勒索當?shù)睾雷宓臒o賴，忍不住出手相助。而好不容易逃到江戶的阿君和米友為了謀生，不得不進入雜耍班賣藝。阿君在跟隨雜耍班老板離開江戶外出賣藝時，遭遇大火，失去了蹤跡。米友為了尋找阿君，孤身前往甲府。