《大菩薩嶺1》講述了在幕末時期，冷酷的武士機龍之助在大菩薩嶺斬殺了一位無辜的老人，老人的孫女阿松被路過的盜賊里宿七兵衛(wèi)救下并帶往江戶。御岳神社的祭神比武中，機龍之助以自己獨創(chuàng)的“無聲的劍術(shù)”殺死對手宇津木文之丞，并帶著文之丞的妻子阿濱私奔到江戶。文之丞的弟弟宇津木兵馬為報哥哥之仇也前往江戶。四年后，學(xué)習(xí)直心影流劍術(shù)的兵馬小有所成，認(rèn)出隱姓埋名的龍之助并下了決斗書。決斗當(dāng)日的拂曉時分，龍之助在盛怒之下殺了阿濱，隨即逃往京都，在新選組的隊長芹澤鴨的庇護(hù)下藏身于旅店。兵馬也追到京都。新選組分裂為芹澤鴨與近藤勇兩派，芹澤邀請龍之助于島原青樓的包廂內(nèi)密謀暗殺近藤勇之事。二人的談話被賣到青樓的阿松無意中聽到，龍之助在負(fù)責(zé)看守阿松時，突然精神錯亂，不知所蹤。芹澤鴨的計劃失敗，反被近藤勇暗殺。龍之助恢復(fù)神智后離開京都來到大和國，寄身于某劍術(shù)道場，遇到了與亡妻阿濱長相一模一樣的阿豐。后來他加入尊皇攘夷的志士集團(tuán)天誅組，參與天誅組之變，在失敗逃亡的過程中眼睛被火藥炸瞎。雙目失明的龍之助在龍神村與阿豐重逢，兩人一起逃離，兵馬則繼續(xù)追蹤。